Ново приложение превръща смартфона ви в анализатор на геном
Специалисти са създали програма, която позволява да се анализира геном с помощта на iPhone. Той в съчетание с миниатюрен прибор за секвениране на ДНК и РНК, се превръщат в джобна генетична лаборатория. Удивителната разработка е описана в научна статия, публикувана с списание Gigascience.
Технологията на секвениране ( „четене“ ) на ДНК и РНК се развива изключително стремително. Още преди няколко години секвенатори, които тежаха по-малко от три килограма, бяха новина. Днес компанията Oxford Nanopore предлага такова устройство, което се помества на човешка длан и тежи по-малко от сто грама.
Но секвенаторът изпълнява само биохимичната част от дешифрирането на генома. Получените от него данни трябва да се обработят и тази обработка изисква голям брой изчисления. До неотдавна за тях се изискваше минимум високопроизводителен лаптоп, а много често и мощен сървър.
Сега вече тяхната роля може да изиграе обикновен смартфон. Програмното приложение е разработено в Cold Spring Harbor Laboratory от Аспин Палатник и доцент Майкъл Шац. Истината е, че поне за момента, програмата е достъпна само за притежателите на iPhone. Тестирането на множество геноми е показало, че производителността е сравнима с популярните досега аналози, работещи на „големи“ устройства.
На потребителя му е необходимо единствено да инсталира безплатното приложение iGenomics и да се свърже със секвенатора по безжична връзка.
Разработчиците подчертават, че изчисленията се извършват изключително на самия смартфон, а не на отдалечени сървъри. По тази причина iGenomics може да работи даже без достъп до Интернет.
Имайки джобен секвенатор и iPhone с инсталирано на него приложението iGenomics специалистът практически носи със себе си генетична лаборатория. Това означава, че той може да се занимава с четене на генетична информация във всяко, даже най-отдалеченото, кътче на Земята. Друга цел и мечта на разработчиците е да изпробват програмното приложение за смартфон заедно с миниатюрния секвенатор в космоса.
Това е особено актуално в оперативната борба с вирусите и техните мутации, в това число и с SARS-CoV-2. Разработчиците даже са публикували онлайн ръководство за дешифриране на геномите на вирусите.
Приложението на iGenomics е с отворен код, така че в най-близко бъдеще може да се очаква появата на подобни програми за смартфони, работещи на други операционни системи.
